Em Final Fantasy VII, o jogador entra no papel de Cloud Strife, um mercenário a serviço do grupo de ecoterrorismo chamado AVALANCHE, sob a liderança do explosivo Barret Wallace. A primeira missão é explodir um dos reatores de Mako (energia gerada a partir do Lifestream, a “vida” do planeta) da empresa Shinra, que controla boa parte do mundo. Essa exploração do Lifestream está degradando o planeta, mas poucos fazem algo a respeito pois têm a vida facilitada pelo nova energia, fora o forte controle militar exercido pela companhia Shinra.
Cloud já foi um soldado da própria Shinra, mas, por razões desconhecidas de início, deixou a empresa e passou a trabalhar como um mercenário disposto a qualquer coisa, se o pagamento for satisfatório. Ele passa a trabalhar para o grupo AVALANCHE após encontrar sua amiga de infância, Tifa Lockhart, dona de um bar chamado Seventh Heaven em Midgar que serve como esconderijo do grupo.
Com o progresso da história, Cloud, embora sem demonstrar um particular interesse pela causa de Barret, acaba sendo arrastado pelos acontecimentos até tomar conhecimento do retorno de Sephiroth, um grande herói de guerra que havia sido dado por morto no incidente de Nibelheim, há cinco anos. Sephiroth já fora um ídolo para Cloud, mas enlouqueceu por motivos misteriosos, e Cloud sabe o risco que ele representa. Ao longo do jogo, muito do que Cloud julgava conhecer revela-se como mentira, com grandes revelações e reviravoltas envolvendo seu passado e outros personagens.
Final Fantasy VII foi um marco na história dos RPGs, apresentando um enredo mais maduro e personagens mais complexos do que o habitual no gênero. Seus personagens, mesmo seu vilão, possuem um extenso background desenvolvido e lidam com problemas psicológicos, referências religiosas e questões ambientais, muito à frente do seu tempo. Sua história possui uma forte referência ao mundo real, como a degradação do planeta por companhias ambiciosas e governos corruptos e negligentes.